1、计算个税的方式不同

单独计算的情况下，年终奖需要单独计税；而在合并计算的情况下，年终奖需要并入综合所得，和综合所得一起计算个税。

2、计算个税的税率不同

年终奖单独计算时，适用月度税率表计算个税；而合并计算时，需要根据综合所得税率表计算个税。