佣金和手续费支出在税前扣除时，需遵循特定的标准和规定。具体如下：

1. 保险企业：财产保险企业可以按照当年全部保费收入扣除退保金后的余额的15%计算限额；人身保险企业则按同样方法计算后的余额的10%计算限额。

2. 其他企业：这类企业可以按照与具有合法经营资格中介服务机构或个人签订的服务协议或合同确认的收入金额的5%计算限额。

3. 销售数量支付定额佣金：如果企业是按照销售数量支付定额佣金的，应将之换算为实际销售收入后，再计算佣金扣除限额。

4. 预收款项：根据权责发生制的原则，收到客户预存款项时，如果不作为当期收入，那么在计算佣金扣除限额时不作为基数，待到收入实现时再计入基数。

5. 支付方式：除委托个人代理外，企业以现金等非转账方式支付的手续费及佣金不得在税前扣除。

6. 证券承销费用：企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除。

综上所述，企业在进行年度所得税汇算清缴时，针对佣金和手续费支出的项目需要特别注意这些规定，并在符合财税部门发布政策的前提下进行纳税调增或调减。对于超过规定计算限额的部分，是不允许在税前扣除的。